恐怖分子在教堂传播病毒，导致俄罗斯东部一座城市完全消失。 同样的厄运也即将降临到日本。 日本警察厅已做好准备，已邀请 18 岁天才黑客高木藤丸（三浦春马 饰）帮忙参与。 藤丸的父亲也是一名警察。 他原本知情此案，但后来因参与过失杀人罪而被通缉。 恐怖组织的相原麻美（吉濑美智子 饰）进入藤丸所在的高中担任生物老师，并监督藤丸。 为了保护妹妹小遥的生命，藤丸无奈之下答应了恐怖组织的要求，盗取了电厂管理员的密码给对方。 在百货公司里，致命的Bloody-X病毒被怀疑是由小丑传播的。 警察厅动员了全部人力来拯救东京，几乎所有的人都在那里丧生。 幸好藤丸及时发现病毒是假的，虚惊一场。 但当大家暂时放松下来的时候，恐怖组织却开始迈出了真正的第一步。 血腥星期一是所有死者所说的最后一句话，也是最大的秘密和阴谋。
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