四只小海龟是兄妹，一直生活在秘密下水道里。 在师傅（成龙 配音）的训练下，他们已经成为身手高超的忍者神龟。 四只小乌龟渴望被人类接受。 在人类朋友 April Next 的帮助下，他们开始追踪一个神秘的犯罪集团，但随着一支强大的变异生物大军的到来，同为变异生物的忍者神龟知道大麻烦即将来临。
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