炼金术,一种建立在等价交换原则基础上的科学,将物质进行理解、分解、再构造,将一种物品变成另外一种。但是,这样先进的技术却不能进行人体炼成,这是炼金术绝对的禁忌。可是,拥有极高炼金术天赋的爱德华(朴璐美 配音)和阿尔冯斯(钉宫理恵 配音)兄弟,因为对母亲极大的思念不惜触犯禁忌。而最终的代价却是,爱德华失去了一条手臂和一条腿,弟弟阿尔冯斯只能将灵魂依附在一副巨大的装甲之内。终于明白一切的兄弟俩,为了恢复原状,寻求更多的炼金术知识,成为国家炼金术师踏上了寻找终极炼金物品——贤者之石的旅程。在不断的探索中,两兄弟终于发现了贤者之石背后的真相,对身处的这个军事化国家也有了更深入的了解。此时,面对国家、民族、家庭……炼金术的未来究竟在何处。
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