明朝末年，武当派几位高手相继被杀。 多年过去了，凶手仍然是个谜。 当曾经的孤儿耿玉靖，俗家弟子成长为英俊少年时，与前来比武的东方亮结识，成为无话不谈的挚友。 突然，暴风雨再次袭来。 先是太常皇帝服用武当红丸后突然死亡，然后新任武当掌门开始一步步逼迫耿玉靖。 无奈之下，耿玉靖脱离了武当山。 在“孤匪”郑铁刚和孙女郑巧儿的帮助下，他秘密追查父母被害的真相……在追查事件的过程中，他结识了少林僧人慧可和段。 魂谷谷主卢象升、昆仑西门严等武林人物，最终与辽东努尔哈赤成为挚友。 当调查逐渐有了方向，过去隐藏的真相逐渐浮出水面时，耿玉靖终于发现了努尔哈赤吞并中原的野心，而他的父母也因此被杀。 带着国仇家恨，耿玉靖、东方亮一行人回到了武当。 埋藏多年的谜团终于被揭开，叛徒得到了应有的惩罚。
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