动画剧情紧接电影，而阿宝也作为师傅收下了四个徒弟。来到生父所在的熊猫山庄定居后，阿宝收了4个天赋异禀的徒弟怒海(Nu Hai), 宝(Bao), 靖(Jing)、饭桶(Fan Tong)，他们分别化身青龙、灵龟、白虎和朱雀，对付新的反派金雕。4个精力充沛的熊猫宝宝掉到一个山洞里，他们从传说中的“四大星宿”那里获得了神力(chi)，有了成为大侠的基础。当然这4个熊孩子需得到神龙大侠阿宝的指点才能成大器。影片反派金雕是千年前的武侠宗师，他曾是青龙、灵龟、白虎和朱雀的师傅，但被黑暗气(chi)所诱惑堕入黑暗(怎么这么像黑武士达斯·维达)。“四大星宿”封印了自己和金雕，没想到千年后金雕跑出来找到秃鹰做肉身。如果金雕将“四大星宿”吸收，就会变成完全体，天下将毁于一旦。
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