在所有未知的生命形式被消灭两年后，人类迎来了短暂的和平，但突然出现在海滩上的神秘奥帕斯打破了这种和平。城市中，人类的离奇死亡再次展现。这一次，战斗人民的凶手是一个新的敌人——一个未知的物体。他们拥有人类无法比拟的神秘力量，就连专门为他们建立的G3小队也与他们无关。\r失去记忆的开朗青年津上正一暂时住在美杉家，与美杉的侄女风谷真由和儿子美杉太一住在一起。但在庄城天真笑容的背后，却是神秘的英雄假面骑士亚基斗。每当未知物体出现要杀死人类时，他就会被诱导摧毁它们。\r日益强大的未知物体，津上章一的过去记忆，与奥帕兹诞生的神秘黑衣少年之间有什么联系？这是什么一回事呢？
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