将施奈德回老家之后，四只原本亲如兄弟的神龟由于没有了敌人，于是不再想以往一样一起战斗，而是各自在喜欢的领域内钻研，以往一起行动的忍者神龟们变成了四个独来独往的“独行侠”！ 这时，纽约市中发生一连窜的怪事。原来实业家马克西米林安J威特斯意图征服纽约市，秘密培养了一支远古怪兽组成的军队，加上恶名昭彰的忍者组织Foot Clan，各种黑暗势力又在城市的角落里蠢蠢欲动！ 神龟们又处于备战状态了！他们再次联合起来，准备向黑暗势力出击！
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白石晴香,小林亲弘,伊藤静,永濑安奈,井上穗乃花,山根绮,茅野爱衣,日高里菜,中原麻衣,千本木彩花,富田美忧,福岛润,大塚芳忠,玄田哲章,田村睦心,田村由香里,杉田智和