将施奈德回老家之后，四只原本亲如兄弟的神龟由于没有了敌人，于是不再想以往一样一起战斗，而是各自在喜欢的领域内钻研，以往一起行动的忍者神龟们变成了四个独来独往的“独行侠”！ 这时，纽约市中发生一连窜的怪事。原来实业家马克西米林安J威特斯意图征服纽约市，秘密培养了一支远古怪兽组成的军队，加上恶名昭彰的忍者组织Foot Clan，各种黑暗势力又在城市的角落里蠢蠢欲动！ 神龟们又处于备战状态了！他们再次联合起来，准备向黑暗势力出击！
高濑右光,铃木达央,平川大辅,渡边明乃,津田健次郎,家中宏,三森铃子,樱井孝宏,坂本真绫,山寺宏一,三石琴乃,伊藤静,野岛健儿,大原沙耶香,林原惠美,绪方惠美,宫村优子,石田彰,立木文彦,子安武人,长泽美树,川村万梨阿,高山南,山崎和佳奈,小山力也,日高法子,田中敦子,池田秀一,一城美由希,梁田清之,杉本优,松井菜樱子,远藤绫,井上和彦,福岛润,茅野爱衣,生天目仁美,高桥广树,能登麻美子,名塚佳织,长岛雄一,野泽雅子,悠木碧,岛本须美,桧山修之,柚木凉香,小林由美子,兴梠里美,真柴摩利,大塚芳忠,大塚明夫