高校1年生の海賊王（ルフィ）と菜美（なみ）は 二人ともワンピースのキャラクターの名前ということもあり、距離を縮めていた。 しかし、そこにワンピースネームを持つもう１人の同級生、 嘘風（ウソップ）が現れたことで、穏やかな日常が崩されてしまう。 嘘風は海賊王と菜美を巻き込んで「海賊部」を結成し、船員を集めていく。 こうして〝ひとつなぎの大秘宝〟を目指す、ドタバタな学園生活が幕を開けるーー！
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