学园都市占地东京西部13%，人口超过230万，其中80%以上是学生。 尖端科技发展日新月异，超能力的发展已经渗透到城市的每一个角落。 拥有高达5级超能力的御坂美琴（佐藤莉奈 配音）和好友初春鸟里（丰崎亚希 配音）、白井黑子（新井里美 配音）等人一如往常地过着平凡的生活。 偶尔会爆发出激情来阻止各种麻烦。 都市阴谋。 某天，她在调查一桩现代卡牌事件时，结识了长门上胜学园的扶周都信（叶山郁美 配音），并得知美琴的 DNA 被用来大量复制超能力。 不稳定的气氛在城市的各个角落肆意蔓延。本片是镰地和真（原作家）、冬川元（画师）创作的衍生漫画《魔法禁书目录》第二季电视动画。
