在太一一行人告别数码世界后，数码世界并没有就此关闭朝向人类的大门，而数码世界的内部却没有太平多少时日，就又开始了纷争。 数码世界急需一批被选中的孩子来维护数码世界和人类世界的和平。太一、阿和、素娜等人都已先后成为了初中生，没有太多精力和时间能够和数码宝贝们一起并肩作战，只有阿武和小光成为了新一代的领头人。被选中的孩子有本宫大辅（木内玲子配音）、井之上京（夏树莉绪配音）、火田伊织（夏树惠配音）等人，和他们一同战斗的除了亚古兽、加布兽等，还有新的数码宝贝参与。于是，在第一代数码人的带领下，新的数码宝贝和守护者们开始了同邪恶势力的作战
梶原岳人,小林裕介,中井和哉,铃村健一,上条沙惠子,市道真央,悠木碧,八代拓,阪口大助,楠大典,兴津和幸,日野聪,宝龟克寿,土师孝也,鸟海浩辅,小西克幸,长岛雄一,小野大辅,古川慎,坂田将吾,Lynn,河西健吾,大原沙耶香,金元寿子,宫野真守,前野智昭,赤尾光,坂本真绫,内山夕实,钉宫理惠,安元洋贵,岛袋美由利,大久保瑠美,小林亲弘,松冈祯丞,乃村健次,千叶进步,青山穰,日笠阳子,相泽正辉,川田绅司,松风雅也,三瓶由布子,关智一,津田健次郎,樱井孝宏,石田彰,田村睦心,岛田敏,朝井彩加,千叶翔也,小野友树