太乙和他的朋友们告别数字世界后，数字世界并没有向人类关上大门。 然而，数字世界内部的平静并没有维持多久，争端再次爆发。 数字世界迫切需要一群被选中的孩子来维护数字世界和人类世界的和平。 太乙、阿和、苏娜等人都已经成为初中生了。 他们没有太多的精力和时间来与数码法宝并肩作战。 只有阿武和晓光成为了新一代的领袖。 被选中的孩子有本宫大辅（木内怜子 配音）、井上京（夏树亮 配音）、飞田伊织（夏树惠 配音）等人。 与之战斗的除了亚古兽、加布兽等。 其中涉及新的数字法宝。 于是，在第一代数字人类的带领下，新的数字法宝和守护者开始与邪恶势力作斗争。
