在太一一行人告别数码世界后，数码世界并没有就此关闭朝向人类的大门，而数码世界的内部却没有太平多少时日，就又开始了纷争。 数码世界急需一批被选中的孩子来维护数码世界和人类世界的和平。太一、阿和、素娜等人都已先后成为了初中生，没有太多精力和时间能够和数码宝贝们一起并肩作战，只有阿武和小光成为了新一代的领头人。被选中的孩子有本宫大辅（木内玲子配音）、井之上京（夏树莉绪配音）、火田伊织（夏树惠配音）等人，和他们一同战斗的除了亚古兽、加布兽等，还有新的数码宝贝参与。于是，在第一代数码人的带领下，新的数码宝贝和守护者们开始了同邪恶势力的作战
高濑右光,铃木达央,平川大辅,渡边明乃,津田健次郎,家中宏,三森铃子,樱井孝宏,坂本真绫,山寺宏一,三石琴乃,伊藤静,野岛健儿,大原沙耶香,林原惠美,绪方惠美,宫村优子,石田彰,立木文彦,子安武人,长泽美树,川村万梨阿,高山南,山崎和佳奈,小山力也,日高法子,田中敦子,池田秀一,一城美由希,梁田清之,杉本优,松井菜樱子,远藤绫,井上和彦,福岛润,茅野爱衣,生天目仁美,高桥广树,能登麻美子,名塚佳织,长岛雄一,野泽雅子,悠木碧,岛本须美,桧山修之,柚木凉香,小林由美子,兴梠里美,真柴摩利,大塚芳忠,大塚明夫