明朝万历天启年间，倭寇作乱，宦官专权，百姓涂炭。江湖上出现一位“女神捕十三娘”，她率领一彪人马抓巨盗，惩大奸，侦疑案，平冤狱，破获了一起起扑朔迷离的惊天大案，演绎了一曲曲可歌可泣的人间传奇。她，十三娘，名捕之女，花容月貌兼忠肝义胆，精擅追摄跟踪之术，一条长鞭矫如龙翔；他，王大友，名冠天下的绝世盗王，疏懒无赖却古道热肠，轻功盖世，易容术改天换地；她，宋君瑜，名医之后，美艳娇弱兰心蕙质，家学渊博，医术高超；他，狄无邪，督察院第一神捕，心热如火却眼冷如冰，一柄扇剑独步天下，常常在危急关头独臂擎天日本流入价值连城的玉佛掌引出一段惊世谋杀大案。杀手封百川奉海盗之命，欲在朝延祭天盛典时刺杀名将李元帅。十三娘协同狄无邪、王大友和神医之女宋君瑜如何制止这场谋杀，挽狂澜于即倒呢穷秀才冒充知县达数年之久，只因为这是一个天高皇帝远的小县。奇案突发，耳背之人听到死者的尖叫，夜盲之人看到有人越墙逃走，一个跛子逃脱捕快追捕。十三娘等为查真相深陷囹圄，救助他们的居然是朝延忠邪纷争。兵部尚书欲勾结倭寇残害忠良，阴谋诡计天衣无缝。兵部尚书萧大亨、司礼监王公公、左督御史温纯、兵部左侍郎朱纫究竟谁忠谁奸，狄无邪不惜欺骗十三娘、毅然背负骂名，上演一出卧底好戏。一段久远的杀父之仇，一条漫长的复仇之路，一起连环杀戮的奇案，一个弱女子对黑暗的反击。当十三娘层层剖析，查明事实真相之时，弱女子叶子卿却在轰然巨响中与仇人们同归于尽。
