延续上一季的剧情，原来Mulder被骗了。 及时发现错误后，他与斯卡利勾结，欺骗政府高级官员，以便潜入“普通联邦调查局特工不应该进入”的地方收集必要的信息。 。 这一季越来越精彩，一些尚未彻底改造的混血外星人联合起来反抗殖民阴谋。 斯嘉丽在被绑架时被切除了子宫，但今年她的孩子艾米丽出生了。 今年，制作团队甚至聘请了两位知名科幻作家为两集客串剧本。 今年还有一部喜剧。 整个《X档案》增加了一些角色和内容以配合电影的上映。 “辛迪加”组织的阴谋越来越明显，穆德再次距离真相越来越近。 Mulder前女友的出现也给Mulder和Scully之间的关系带来了巨大的考验。 本季以斯莫克销毁所有 X 档案文件结束。
