城市恢复和平后，大反派重新召集老班子卷土重来，并与外星邪恶势力兰格勾结，企图称霸地球。 忍者神龟莱昂纳多（皮特·普劳泽克饰）、拉斐尔（艾伦·阿兰·里奇森饰）、多纳泰罗（杰里米·霍华德饰）和米开朗基罗（诺尔·费舍尔饰）以及女记者阿普丽尔·奥尼尔（梅根饰） 梅根·福克斯 饰、韦恩·芬威克（威尔·阿奈特 饰）和蒙面义务警员凯西·琼斯（史蒂芬·阿梅尔 饰）并肩作战，阻止恶棍。 斯莱德（布莱恩·泰饰）越狱后，与疯狂科学家巴克斯特·斯托克曼（泰勒·派瑞饰）和他的两个笨手笨脚的得力助手猪面和牛头人联合起来，颁布了一项毁灭世界的恶魔计划。 当海龟们与斯莱德和他的帮派对峙时……
