甲骨文局特工高云龙（阮松阳 饰）奉命进入明朝。 他在寻找曾经去过的好友曹小梅（陈家欢 饰）的同时，也追查时空动荡入侵的组织计划，同时予以协助，从而卷入了东林书院和东厂。 纷争中，东林书院的成员陆续被杀，却始终没有找到凶手的线索。 书院大哥叶镜清（宋廷均饰）最终向明廷奏报，要求皇帝彻查是谁在欺人，并直指东厂。 至此，一场大悲以正义告终，高云龙留在明朝继续他的事业。
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