水族馆里诞生了四条小鱼，其中包括哈罗德的女儿伊莎贝尔。 伊莎贝尔有着难看的雀斑和缺失的鳞片，她的外表受到学校其他成员的嘲笑。 鱼群首领瑟斯顿要求哈罗德将伊莎贝尔藏起来，否则如果有人来找她，他们就会被带回海里。 贪玩的伊莎贝尔被人类发现，她和哈罗德被抱进了茫茫大海。 海上突然发生巨大风暴，导致水族馆里的鱼全部落入海中。 有一段时间，伊莎贝尔和哈罗德分开了。 伊莎贝尔遇到了艾普丽尔，并结识了一群长相奇怪的鱼，它们都因为外表的缺陷而被自己的物种所排斥。 在阿普丽尔的带领下，伊莎贝尔和其他鱼儿计划穿越火山前往珊瑚礁寻找哈罗德。 另一边，哈罗德在海参卡尔的陪伴下，却没能找到女儿。 他伤心欲绝，带着鱼离开了。 成功穿越火山的伊莎贝尔在珊瑚礁上遇见了哈罗德，珊瑚礁女王的出现让父女俩大吃一惊。 原来，王后就是伊莎贝尔的母亲。 一家人高兴地聚在一起。
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