故事发生在东京八丈岛海岸附近，一个连接世界各地警方监控的高科技太平洋浮标即将下水。 来自世界各地的工程师聚集在这里，以便与欧洲刑警组织的管辖范围建立联系。 基于人脸识别的全新黑科技也正在测试中。 与此同时，柯南一行人前往八丈岛观鲸。 途中，柯南接到冲谷昴（赤井秀一饰）的电话，得知一名欧洲刑警组织成员在德国被强奸。 酒精会杀人。 柯南潜入太平洋浮标调查真相。 正当工程师们准备系统启动时，突然发生了一起案件！ 一名女工程师被黑暗组织绑架，她手中含有核心技术的U盘也落入黑暗组织手中！ 这时，水中传来了一艘不明潜艇靠近的令人毛骨悚然的声音，而一个神秘的黑色身影也在悄悄靠近灰原哀。
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