2029年3月的某一天，某国大使馆被一群进行了大规模假肢改造的武装人员入侵，人口稠密的外国使节及其同行被劫持为人质。草薙元子（坂本真绫配音）召见巴特（松田健一郎配音）、户草（新垣太郎配音）等有能力的部下，制定了周密的营救计划。没想到，当一切按计划进行时，意外却突然发生了。与此同时，在离大使馆不远的一座摩天大楼里，日本首相被密码箱炸弹暗杀，元子的前任上司、501军的团长黑日（浅野真由美饰）也遇难。爆炸。经过仔细调查，本子等人发现，一种可以篡改记忆的病毒正在网络上传播，她的身世与一系列事件息息相关。在当前的危机中，计划悄悄地浮出水面……这部电影根据四郎政宗的同名原作改编，是他诞辰25周年的纪念作品。
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