来自西藏的九转魂童的头骨在香港被拍卖，被富豪郑先生买下。当晚，一伙打手和两个从大陆来香港的小偷小健（夏雨饰）和小山（张卫健饰）同时进入郑家，抢劫郑家。出租车司机艾伦（文兆伦饰）带他逃跑，雨露被新扎师姐侯莹莹（何婉莹饰）发现，莹莹试图追上，两人触发了九转魂童的魔力，三人穿越时空，回到了远古时代。……落在蒙古草原上的三人，被成吉思汗的手下抓住了。好在英雄杨过（刘德华饰）救了他们。小剑和莹莹趁机再次学习《玉女心经》；这次他们闯入了叶孤城（郑少秋饰）和西门吹雪的对决。小剑等人的双手，在江湖上掀起了风暴；再次飞升的三人来到这个世界，看到了段飞的儿子。段小飞（周星驰饰）胆子大，大义凛然。小剑在旅途中不忘犯错，终于有了当皇帝的梦想。艾伦找到了前皇帝朱锦春（郑少秋饰），请他配合，阻止小强……
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