卡勒姆·林奇（迈克尔·法斯宾德饰）在玛丽被处决前即将被处决，却发现自己被索菲亚（玛丽昂·歌迪亚饰）选中参加一项能让人类摆脱暴力冲动的项目。 虚拟现实机Animus可以让用户体验前辈的记忆。 被绑在机器上后，卡勒姆·林奇意识到自己是西班牙宗教裁判所时期的刺客阿奎拉的后裔。 他们正在寻找的是能够以自由意志控制伊甸苹果的人。 索菲亚迫于父亲艾伦（杰瑞米·艾恩斯 Jeremy Irons 饰）的压力，无奈操纵卡勒姆·林奇在现代世界寻找伊甸苹果的下落，威胁着他的身心健康。 。 但在杀手同伙穆萨（迈克尔·威廉姆斯饰）向卡勒姆·林奇暗示并提醒他艾伦可能有不纯粹的动机后，卡勒姆·林奇开始重新考虑自己的行为和动机，而人类自由意志的命运也变得悬而未决……
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