进入明治时期，前“刽子手拔刀斋”平村谦信（佐藤健饰）已经习惯了神谷道场的平静生活。 没想到这一天，他的打倒战争老友、被誉为维新三英雄之一的大久保利通（宫泽一史 饰）邀请他前往。 原来，继承了剑心刽子手身份的清水志志雄（藤原龙也 饰）当年就被新政府背叛了。 侥幸生还的志志雄，正在暗中策划着称霸日本的恐怖计划。 大久保死后，感到自己有不可推卸责任的剑心独自走上了道路。 途中，他不仅结识了京都女忍町真希庄（土屋涛 饰），还在新月村与志志雄初次相遇。 与此同时，相良佐之助（青木高孝饰）、神谷薰（武井咲饰）、明神弥彦（小柳快人饰）、齐藤和（江口洋介饰）也相继赶赴京都。 阴云密布的时代，一场席卷全国的风暴正在酝酿……本片改编自和月信宏的原著经典漫画。
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