2000年血腥的除夕夜，仙治（唐泽俊明饰）一行人竭尽全力拦截“敌人”灭绝人类的计划，但反抗却以失败告终。 那晚之后，智者一派被诬陷为屠杀人类的恐怖分子，而“朋友”则公然成为救世主，受到所有人的崇拜和向往。 2015年，睿智的侄女远藤上野（平爱里 饰）已经成长为特立独行的少女。 她对教科书上对叔叔的歪曲非常反感，经常和教授发生争执。 最终，学校决定将她和另一个对血腥跨年夜提出质疑的女孩小泉恭子（木南遥饰）送到“朋友天堂”。 与此同时，一名在“朋友天堂”中变身的异装女子意外得知“朋友”的秘密，被警察杀害。 目睹这一幕后，神无决定进入“朋友乐园”一探究竟。 另一方面，新一届世界博览会将在日本举办，教皇也将在此时访问日本。 被关押在萤火虫集中营的阿久（丰川悦二 饰）越狱，智者团幸存的战友纷纷聚集。 在这个至暗时刻，人类的命运将再次改写……本片改编自浦泽直树的同名漫画。 （影片介绍中涉及的人物名字均根据中文版原著漫画翻译而来）
