十六年前，射手座黄金圣斗士艾俄洛斯怀里抱着真正的女神雅典娜转世，逃离了圣域。 途中，他被双子座萨卡和摩羯座瑟拉挡住，受了重伤。 在命运的趋势下，濒临死亡的艾俄洛斯将女神托付给了恰好正在喜马拉雅山探险的日本木户财团会长木户光正（大杉怜 配音）。 知道底细的光正把女神带回了日本，给她取名沙织，并以孙女的名义抚养长大。 接受命运和女神的召唤，圣哉（石川快斗 配音）、紫龙（赤羽健二 配音）、冰河（小野贤章 配音）、舜（冈本信彦 配音）等少年归来 陆续前往日本。 他们已经成长为能够独当一面的圣战士。 与此同时，受教皇命令的刺客纷纷从圣地来到日本，一场可以载入史册的正义与正义之战开始了……
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