扣人心弦的第二部分再次横扫一切。 天才黑客高木藤丸（三浦春马饰）这次又会遇到什么麻烦呢？ 在第一部的结尾，藤丸和他的朋友们力挽狂澜，遏制了病毒危机。 但这一次他们面临着更加可怕的核弹恐怖计划。 病毒危机结束两年后，受其影响的藤丸决定不再碰电脑，但他仍然无法阻止自己和他的朋友九条音哉（佐藤健 饰）和高木遥（川岛海美香 饰） ）免于参与新的计划之中。 携带核弹的飞机正在一点点接近东京，但东京人民却浑然不知。 为了不让东京遭受核弹的重创，藤丸和音哉不得不继续战斗。 除了老对手折原真夜（吉濑美智子 饰）和神崎淳（成宫广树 饰）之外，他们还面临着不少新人。 结果如何？
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