进入明治时期,前“刽子手拔刀斋”平村谦信(佐藤健饰)已经习惯了神谷道场的平静生活。 没想到这一天,他的打倒战争老友、被誉为维新三英雄之一的大久保利通(宫泽一史 饰)邀请他前往。 原来,继承了剑心刽子手身份的清水志志雄(藤原龙也 饰)当年就被新政府背叛了。 侥幸生还的志志雄,正在暗中策划着称霸日本的恐怖计划。 大久保死后,感到自己有不可推卸责任的剑心独自走上了道路。 途中,他不仅结识了京都女忍町真希庄(土屋涛 饰),还在新月村与志志雄初次相遇。 与此同时,相良佐之助(青木高孝饰)、神谷薰(武井咲饰)、明神弥彦(小柳快人饰)、齐藤和(江口洋介饰)也相继赶赴京都。 阴云密布的时代,一场席卷全国的风暴正在酝酿……本片改编自和月信宏的原著经典漫画。