第三季在第二独立团抵达查尔斯顿七个月后开始。 在此期间，查尔斯顿被指定为“新美利坚合众国”的首都，汤姆·梅森当选为其政治领袖（相当于总统）。 但他的大部分时间并不是花在办公室处理政务，而是带领军队顽强抵抗外来入侵者的进攻。 与前任曼彻斯特博士相比，汤姆对待外星人的态度更加积极主动。 查尔斯顿政府与起义的“突袭者”结成了不稳定的联盟。 汤姆允许“突袭者”叛军留在查尔斯顿与人类并肩作战，但这引起了人类以及两个种族之间关系的一些不满。 继续着急。 “突袭者”叛军在战斗前总是在脸上画上红黄条纹，以纪念第二季结尾英勇牺牲的首领“红眼”。 汤姆的儿子本现在是查尔斯顿政府和突袭者队之间的联络人。 人类和“突袭者”都明白，即使联手，也很难战胜强大的敌人——外星种族埃斯菲尼，此前被第二独立团戏称为“鱼头”。 虽然他们的国王死了，但另一个更强大、更邪恶的国王刚刚继承了王位。 更糟糕的是，在双方激战如火如荼的时候，一个全新的外星种族来到了地球，并迅速加入了战场。
