在给母亲扫墓回来的路上，真嗣（绪方惠美 配音）和葛城美里（三石琴乃 配音）遭到了第七使徒的袭击。 关键时刻，二号机战胜了对手，真嗣也结识了第二使徒。 第一单位的统治者，式并明日香·兰格雷（宫村优子 配音）。 与沉默寡言的绫波丽（林原惠美 配音）不同，明日香自信、张扬，甚至有些傲慢。 她和真嗣相处的日子里，彼此闹出了很多笑话。 三人分别驾驶0号机、1号机、2号机，抵挡住了第八使徒的强大攻击。 在这个过程中，一种淡淡的感觉在这三个青年男女的心中悄然萌芽。 不久之后，第九、第十使徒陆续到来，真嗣等人面临着生与死的残酷考验……本片是新世纪福音战士新剧场版四部曲的第二部。
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